De Broedergemeente breidde zich snel uit over Bohemen en Moravië en telde in het begin van de 16e eeuw wel honderdduizend leden. Van het begin af vervolgd, is zij ook later nooit door de overheid erkend. Integendeel, de vervolging en onderdrukking namen steeds toe. De bekende bisschop en dichter Jan Augusta zat 16 jaar gevangen. Hij zocht de vriendschap van Luther en voelde zich vooral verwant met Calvijn. De Broedergemeente sloot zich van ganser harte bij de Hervorming aan. Daar zij nauwelijks een eigen theologie ontwikkelde, bleef zij openstaan voor beide richtingen van de hervorming.

Toen het eigen kerkelijk leven in het oude vaderland onmogelijk was geworden, verplaatste de Broedergemeente zich vooral naar Polen (rond 1550). Daar sloot zij door de nood der verdrukking met de in Polen levende Gereformeerden en Lutheranen een overeenkomst, die juist door de bemiddelende houding van de Broeders van betekenis is geweest. Toen in 1648 bij de vrede van Münster (1648) aan alle protestanten vrijheid van godsdienst geschonken en gewaarborgd werd, bleek dat men de kerk, de "Unitas Fratrum", de "Gemeenschap der Broeders", de oudste protestante kerk ter wereld vergeten had - met opzet?-. En deze kerk van martelaren moest daardoor haar weg van vervolgde en geslagen kerk voortzetten. In Bohemen en Moravië werd de Broedergemeente volkomen uitgeroeid. In het verborgen hielden vele families echter vast aan het geloof der vaderen